История музея на территории Ипатьевского монастыря начинается ещё в XIX веке.
В 1830-е годы в комнатах второго этажа или «Дворца Михаила Романова» были размещены 24 портрета представителей императорской фамилии «писанные живописцем Беннером, гравированные и печатанные в Париже».
С 1863 по 1912 годы Ипатьевская обитель принимала многочисленных посетителей в Музее Дома Романовых в «Царских чертогах» (Палатах бояр Романовых). Музей напрямую финансировался из государственных средств. В его экспозиции были представлены предметы, связанные с пребыванием в Ипатьевском монастыре царствующих особ, в том числе, реликвии основателя романовской династии – серебряный ковш и посох, присланные в обитель императором Николаем I.
В 1912 году, в связи с приближавшимся 300-летием царствования Дома Романовых, было создано Костромское Церковно-Историческое общество. В Ипатьевском монастыре открылось Древнехранилище, основу которого составили святыни Ипатьевской ризницы – удивительные по своей исторической и художественной значимости памятники искусства. Кроме того, благодаря просвещенному содействию Высокопреосвященнейшего Тихона, в Древнехранилище из костромских храмов и монастырей были привезены старинные иконы, богослужебные предметы, памятники древнерусского шитья, письменности, – большая коллекция памятников церковной старины.
В 2004 году в стенах древнего Ипатьевского монастыря создан Церковный Историко-археологический музей Костромской епархии Русской Православной Церкви, как преемник и продолжатель традиций дореволюционного церковного музея (Древлехранилища). Это пример возрождающегося «живого музея», о котором, в свое время, писали отец Павел Флоренский и профессор Покровский.
В наше неспокойное время, характерное нравственными и духовными потерями, поисками и обретениями, ЦИАМ, действующий под эгидой церкви, с экспозициями и выставками духовно-исторического содержания, является культурным, духовным центром не только для Костромы и Костромского края, но и всего российского Отечества.
Впервые в России Государство доверило ЦИАМ, зарекомендовавшему себя, как серьезное религиозное культурно-просветительское учреждение, более трех тысяч уникальных экспонатов, являющихся частью Государственного музейного фонда.
Основу этой коллекции составляют святыни Ипатьевского монастыря – вклады царствовавших династий Годуновых и Романовых: древние иконы и книги в драгоценных окладах, богослужебные сосуды, пелены, облачения.
ЦИАМ является музеем в полном смысле этого слова, занимаясь хранением, исследованием, экспозиционной и образовательной работой.
Одной из основных задач ЦИАМ является изучение церковно-религиозной жизни Костромской епархии в её прошлом и настоящем, исследование, собирание и сохранение памятников местной церковной древности и истории. ЦИАМ хранит музейные предметы, поступившие в результате вкладов, дарений и пожертвований от добровольных вкладчиков, даже целых учреждений, организаций.